Garantizar la protección de la salud de la población del Estado a través de: la rectoría de las políticas de salud, la efectiva vigilancia epidemiológica y sanitaria y la prestación de servicios con calidad y calidez, fomentando la investigación y participando en la formación y desarrollo de recursos humanos.
Visión
Ser una Institución de Salud con rostro humano, organizada y tecnificada, administrativamente transparente, unificada en sus niveles de atención, con una sociedad participativa que reconoce la calidad y la calidez en los servicios recibidos con personal orgulloso, calificado y comprometido, con reconocimiento por su cobertura total y su liderazgo a nivel nacional.
Política de Calidad
Mejorar continuamente nuestros servicios y optimizar el uso de los recursos a través de un modelo de administración de calidad con profesionalismo, para satisfacer las expectativas de la población con calidad y calidez, cumpliendo con la normatividad establecida.
Objetivos Estratégicos
MEJORAMIENTO Y DESARROLLO DEL FACTOR HUMANO.
Contar con personal motivado, capacitado y comprometido para el logro de los objetivos del ISEA.
DESARROLLO E IMPLEMENTACIÓN DE UN MODELO DE CALIDAD TOTAL.
Trabajar en el ISEA con base en un Modelo de Calidad Total, que nos permita lograr la plena satisfacción de los usuarios de los Servicios de Salud, a través de procesos de mejora continua.
MEJORAMIENTO DEL SERVICIO PERCIBIDO POR LA SOCIEDAD.
Mejorar significativa y continuamente la percepción de la Calidad de Servicios y Trámites recibidos por parte de la ciudadanía.
GESTIÓN Y OPTIMIZACIÓN DE RECURSOS.
Contar con el máximo de recursos financieros posibles y aprovechar en un mayor nivel el recurso humano y material para asegurar la óptima utilización para la sana operación del ISEA.
MEJORA DE LA COORDINACIÓN INTERINSTITUCIONAL.
Contar con una efectiva y eficiente coordinación entre las áreas que conforman el Instituto y las instituciones relacionadas con el mismo.
Educación
Empleo
Educación superior
Salud
Cultura
Turismo
Economía y Negocios
Inversiones
Deportes
Programas Sociales 
Vivienda
Obra Pública
Seguridad Pública 
Proveedores
Medio Ambiente
Niños
Ciencia e Investigación
Jóvenes
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